Program Pesantren
Program pendidikan yang saat ini dikelola Pondok Pesantren Raudhatut Thalibin Bone Bone terdiri dari:
Tingkat Mts dan MA putra putri. Untuk tingkat menengah pertama maupun menengah atas diterapkan sistem asrama . Siswa wajib tinggal di asrama. Dengan sistem ini, siswa memiliki waktu yang memadai untuk memahami ajaran Islam lebih dalam, mengaplikasikannya dalam bimbingan para guru dan belajar untuk hidup madiri.
Kurikulum
Tahfizhul Quran, Bahasa Arab dan Ilmu Syar’i.
Program Non Pendidikan
Disamping program pendidikan, Pesantren Raudhatut Thalibin Bone Bone juga memiliki program da’wah dan sosial.
Program da’wah diwujudkan dalam bentuk, pengajian umum untuk orang tua dan masya rakat, pelayanan khutbah Jum’at, Pembinaan Pendidikan Al-Qur’an di masyarakat.